首都兒科研究所的前身是中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究、兒科疾病發(fā)病機(jī)理研究、兒童保健為重點，承擔(dān)有醫(yī)療、教學(xué)和預(yù)防任務(wù)的應(yīng)用醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)。研究所于1983年劃歸北京市，隸屬北京市衛(wèi)生局。1986年研究所建立附屬兒童醫(yī)院。全所院現(xiàn)有員工1100余人，其中專業(yè)技術(shù)人員占84%，具有高級專業(yè)技術(shù)職稱的有126人。所內(nèi)有國家級和市級突出貢獻(xiàn)專家7人，享受政府特殊津貼的專家22人。研究所和附屬兒童醫(yī)院地處北京市朝陽區(qū)雅寶路2號，占地面積28815平方米，建筑面積10萬余平方米。
    上世紀(jì)90年代以來，首都兒科研究所先后8次獲得北京市屬科研院所“改革與發(fā)展”一等獎，15次獲得首都及衛(wèi)生系統(tǒng)“文明單位”的稱號。50年來，經(jīng)過幾代人艱苦卓絕的不懈奮斗，目前，首都兒科研究所已發(fā)展成為集兒科基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、高等醫(yī)學(xué)教育、預(yù)防保健醫(yī)學(xué)為一體的知名醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)。
    研究所承擔(dān)著國家、衛(wèi)生部、國際組織和國際間的多邊合作類和北京市一系列關(guān)系到胚胎發(fā)育、出生缺陷、嬰兒喂養(yǎng)、生長發(fā)育、兒童常見和疑難疾病、人口健康、社區(qū)醫(yī)療等方面的重大項目的研究。常年承擔(dān)各類課題百余項。其中有國家科技部國家科技支撐計劃重大課題，國家973、863項目，北京市科委重大項目，國家自然科學(xué)基金和市自然科學(xué)基金項目。課題具有前瞻性、指導(dǎo)性、科學(xué)性和可行性。一批優(yōu)秀研究項目先后獲獎，其中有國家級獎7項、衛(wèi)生部和北京市各類科技進(jìn)步獎70余項。
    1975年以來，受衛(wèi)生部委托，研究所牽頭每10年對全國九市兒童體格發(fā)育進(jìn)行調(diào)查，掌握了我國兒童生長發(fā)育、營養(yǎng)和健康狀況的發(fā)展變化趨勢，為政府部門制定兒童保健政策提供了科學(xué)的依據(jù)。
    研究所內(nèi)設(shè)有世界衛(wèi)生組織兒童衛(wèi)生合作中心、中國兒童衛(wèi)生保健疾病防治指導(dǎo)中心、中—加兒童健康研究合作中心、北京市感染與免疫中心實驗室。中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會兒童保健分會、中國兒科醫(yī)師協(xié)會、中國關(guān)心下一代工作專家委員會、宋慶齡基金會兒科獎勵基金委員會、中國社區(qū)衛(wèi)生協(xié)會等國家級專業(yè)學(xué)會辦公機(jī)構(gòu)設(shè)在本所。所內(nèi)多名資深專家擔(dān)任全國專業(yè)性學(xué)會、協(xié)會領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)。 
    研究所和附屬醫(yī)院是我國兒科高水平人才培養(yǎng)基地。研究所是國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的兒科碩士、兒科博士學(xué)位授權(quán)單位，現(xiàn)有博士生、碩士生導(dǎo)師30余名。目前，已獨立培養(yǎng)了博士、碩士200余人，有7名中青年科技骨干入選北京市科技新星，2名青年專家入選新世紀(jì)百千萬人才工程市級人選。科研、臨床人員每年在各種核心期刊、學(xué)術(shù)會議、專業(yè)刊物發(fā)表論文百余篇，其中SCI文章 10余篇.
研究所具有良好的科研環(huán)境、濃厚的學(xué)術(shù)氛圍以及基礎(chǔ)研究與臨床診療密切結(jié)合的優(yōu)良傳統(tǒng)。近年，百余名留學(xué)人員學(xué)成回國，為所院發(fā)展注入了新的活力。
    附屬兒童醫(yī)院
    附屬兒童醫(yī)院是三級甲等醫(yī)院、愛嬰醫(yī)院、北京大學(xué)教學(xué)醫(yī)院、北京高等醫(yī)學(xué)?？茖W(xué)校教學(xué)醫(yī)院、規(guī)范化服務(wù)達(dá)標(biāo)醫(yī)院、首都平安示范醫(yī)院，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部博士、碩士學(xué)位研究生培養(yǎng)點，衛(wèi)生部、北京市住院醫(yī)師/?？漆t(yī)師培訓(xùn)基地。醫(yī)院編制床位400張。
    院內(nèi)設(shè)有21個臨床科室，26個專業(yè)，還設(shè)有6個臨床研究室，并根據(jù)兒童發(fā)病特點開設(shè)有專病門診。全院應(yīng)診專家100余人。住院部設(shè)有七個病區(qū)。重癥監(jiān)護(hù)及血液病區(qū)均設(shè)有層流病房。手術(shù)室設(shè)有百級和千級手術(shù)室6間。
    醫(yī)院擁有先進(jìn)的核磁、16排螺旋CT、CR、DR、彩超、動態(tài)心電、腦電、肌電檢查系統(tǒng)、自動生化分析儀、內(nèi)窺鏡、NCO診斷測定儀、睡眠監(jiān)測等大型儀器和設(shè)備。
    醫(yī)院承擔(dān)著北京地區(qū)和外省患兒醫(yī)療診治工作，門急診量和住院患者逐年增加。2008年，醫(yī)院年門急診162萬人次，日最高門診量達(dá)到5800人次，年住院病人1.4萬余人次，年手術(shù)5180例。醫(yī)院注重內(nèi)涵建設(shè)，堅持規(guī)范化管理，保障醫(yī)療質(zhì)量，診斷符合率達(dá)到99%以上；建立急診“綠色通道”，使急危重患兒得到及時搶救，搶救成功率達(dá)到85%以上。
    兒童保健注重特色專業(yè)的發(fā)展，設(shè)有兒童營養(yǎng)、心理、語言發(fā)育專業(yè)，并設(shè)有兒童生長發(fā)育、智力、心理測查診斷室。對兒童在生長發(fā)育、營養(yǎng)等有關(guān)疾病開展了有效地預(yù)防與篩查。近年還開展了兒童心理、鉛中毒的診斷、干預(yù)與治療。
    近年來，醫(yī)院先后承擔(dān)了40項國家級和市級推廣和示范繼續(xù)教育項目，每年組織全國性兒童保健、哮喘防治、臨床檢驗、微創(chuàng)技術(shù)等各種學(xué)習(xí)班及國際研討會。每年培養(yǎng)全國各地進(jìn)修醫(yī)生百余人。